Ao nível internacional, representa Japão Feminino Sub-19. A sua principal função em campo é Médio.

Em 1 presenças em Campeonato Feminino Sub-19 da AFC 2018-2019, Misaki Morita contribuiu com 1 golos e 1 assistências, completou 0 passes-chave em 0 passes totais e registou uma precisão de passe de -.