Está inscrito no Phönix Lübeck e usa a camisola número 10. A sua principal função em campo é Avançado. A sua avaliação de mercado estimada está actualmente em 125K €.

A sua transferência mais recente levou-o para Phonix Lubeck, vindo de SV Eichede, através de , a 2022-07-01.

Durante a campanha 2025-2026 de Regionalliga alemã, Jonathan Stöver fez 3 jogos, marcou 2 golos e somou 0 assistências. Teve média de 0.7 golos por jogo em 0 remates, com 0 à baliza.