Está inscrito no Carl Zeiss Jena e usa a camisola número 24. A sua principal função em campo é Médio. O seu pé mais forte é Direito. A sua avaliação de mercado estimada está actualmente em 50K €.

A sua transferência mais recente levou-o para Carl Zeiss Jena, vindo de Carl Zeiss Jena U19, através de , a 2024-07-01.

Em 19 presenças em Regionalliga alemã 2025-2026, Jannes Werner contribuiu com 0 golos e 0 assistências, completou 0 passes-chave em 0 passes totais e registou uma precisão de passe de -.