Ao nível internacional, representa Ilhas Faroé Sub-21. A sua principal função em campo é Defesa.

Ao longo de Qualificação para o Campeonato da Europa de Sub-21 da UEFA 2025-2027, Jákup Norðoy Vilhelmsen participou em 6 jogos e teve médias de 0 desarmes, 0 intercepções, 0 alívios e 0 remates bloqueados por jogo.