Ele pertence ao FK Žalgiris Vilnius e usa a camisa número 14. Sua principal função em campo é Defensor.

Ao longo de Liga Jovem da UEFA 2024-2025, Martynas Šetkus participou de 2 partidas e teve médias de 5.5 desarmes, 1.5 interceptações, 1.5 cortes e 0 chutes bloqueados por jogo.