Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Gelandang. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 150K .

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan CD Motagua dari Lobos UPNFM melalui skema Pinjaman pada 2026-06-30.

Dalam 24 penampilan di Divisi Pertama Honduras 2025-2026, jonathan nunez menghasilkan 2 gol dan 0 assist, mencatat 0 umpan kunci dari total 0 umpan, serta membukukan akurasi passing -.