Saat ini ia membela Istra 1961 dan mengenakan nomor punggung 13. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Bek. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 400K €.

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan Dinamo Zagreb dari NK Dubrava melalui skema Pinjaman pada 2026-06-30.

Selama Liga Sepak Bola Kroasia 2025-2026, Niko Šepić tampil dalam 7 pertandingan dengan rata-rata 1 tekel, 0.4 intersepsi, 1.3 sapuan, dan 0 blok tembakan per laga.