Saat ini ia membela Tartu JK Welco dan mengenakan nomor punggung 24. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Bek. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 25K .

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan Tartu JK Maag Tammeka dari JK Welco Elekter melalui skema Pinjaman pada 2026-12-31.

Selama Esiliiga Estonia 2025, Mihkel Sepp tampil dalam 17 pertandingan dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, 0 sapuan, dan 0 blok tembakan per laga.