Saat ini ia membela Kota Guayaquil dan mengenakan nomor punggung 16. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Gelandang.

Dalam 2 penampilan di Serie A Ekuador 2026, Jonathan Miller Ordóñez Cruz menghasilkan 0 gol dan 0 assist, mencatat 1 umpan kunci dari total 10 umpan, serta membukukan akurasi passing 4.5.