Saat ini ia membela Cancun dan mengenakan nomor punggung 3. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Bek. Ia memiliki tinggi 177 cm dan berat 76 kg. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 250K €.

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan Cancun FC dari Pioneros de Cancún melalui skema pada 2024-01-01.

Selama Meksiko Ascenso MX 2025-2026, Jonathan Hernandez tampil dalam 20 pertandingan dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, 0 sapuan, dan 0 blok tembakan per laga.