Saat ini ia membela FK Neptunas Klaipeda dan mengenakan nomor punggung 42. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Penyerang.

Sepanjang musim Liga I Lithuania 2025, Jonas Vaitkus mencatat 23 penampilan, mencetak 0 gol, dan menyumbang 0 assist. Ia rata-rata membuat 0 gol per laga dari 0 percobaan, dengan 0 yang tepat sasaran.