Saat ini ia membela Atletico de Madrid B dan mengenakan nomor punggung 4. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Bek. Kaki terkuatnya adalah Kanan. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 1000K €.

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan Atletico de Madrid B dari Atletico de Madrid U19 melalui skema pada 2023-07-01.

Selama RFEF Divisi Pertama Spanyol 2025-2026, Javier Boñar tampil dalam 24 pertandingan dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, 0 sapuan, dan 0 blok tembakan per laga.