Saat ini ia membela Carl Zeiss Jena dan mengenakan nomor punggung 24. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Gelandang. Kaki terkuatnya adalah Kanan. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 50K €.

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan Carl Zeiss Jena dari Carl Zeiss Jena U19 melalui skema pada 2024-07-01.

Dalam 19 penampilan di Liga Regional Jerman 2025-2026, Jannes Werner menghasilkan 0 gol dan 0 assist, mencatat 0 umpan kunci dari total 0 umpan, serta membukukan akurasi passing -.