Saat ini ia membela Coquimbo Unido dan mengenakan nomor punggung 1. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Penjaga gawang. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 250K €.

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan Coquimbo Unido dari Deportes Santa Cruz melalui skema Gratis pada 2025-01-01.

Di Divisi Primer Chili 2026, Gonzalo Flores bermain dalam 4 pertandingan dengan rata-rata 0 intersepsi, 0 tekel, dan 0 sapuan per laga.