Saat ini ia membela KS Dinamo Tirana dan mengenakan nomor punggung 14. Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Bek. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 250K €.

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan FC Dinamo City dari Erzeni melalui skema pada 2024-07-31.

Selama Liga Super Albania 2025-2026, Bekim Maliqi tampil dalam 17 pertandingan dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, 0 sapuan, dan 0 blok tembakan per laga.