Posisi utamanya di lapangan adalah sebagai Bek. Ia memiliki tinggi 173 cm dan berat 62 kg. Estimasi nilai pasar terkininya berada di angka 150K .

Transfer terbarunya membuat ia bergabung dengan Cancun FC dari Pioneros de Cancún melalui skema pada 2024-01-01.

Selama Meksiko Ascenso MX 2025-2026, Jonathan Hernández tampil dalam 1 pertandingan dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, 0 sapuan, dan 0 blok tembakan per laga.