Forma parte de FK Žalgiris Vilna y lleva la camiseta número 25. Su función principal en el campo es Defensor.

A lo largo de Liga Juvenil de la UEFA 2024-2025, Vytis Pavilonis jugó 2 partidos y promedió 2 entradas, 0 intercepciones, 7 despejes y 0 tiros bloqueados por partido.