A nivel internacional, juega para Perú sub-16. Su función principal en el campo es Delantero.

Durante la campaña 2024-2025 de Liga sub-23 de México, Leonardo Flores disputó 1 partidos, marcó 0 goles y dio 0 asistencias. Promedió 0 goles por partido con 0 tiros, de los cuales 0 fueron a puerta.