Forma parte de Phonix Lübeck y lleva la camiseta número 10. Su función principal en el campo es Delantero. Su valoración de mercado estimada se sitúa actualmente en 125K €.

Su último traspaso lo llevó a Phonix Lubeck desde SV Eichede mediante el 2022-07-01.

Durante la campaña 2025-2026 de Regionalliga alemana, Jonathan Stöver disputó 3 partidos, marcó 2 goles y dio 0 asistencias. Promedió 0.7 goles por partido con 0 tiros, de los cuales 0 fueron a puerta.