Forma parte de Cancún FC y lleva la camiseta número 3. Su función principal en el campo es Defensor. Mide 177 cm y pesa 76 kg. Su valoración de mercado estimada se sitúa actualmente en 250K €.

Su último traspaso lo llevó a Cancun FC desde Pioneros de Cancún mediante el 2023-12-31.

A lo largo de Ascenso MX de México 2025-2026, Jonathan Hernandez jugó 20 partidos y promedió 0 entradas, 0 intercepciones, 0 despejes y 0 tiros bloqueados por partido.