Jonathan Núñez es un futbolista profesional de HON y actualmente tiene 25 años. Forma parte de CD Motagua y lleva la camiseta número 32. A nivel internacional, juega para Honduras Sub-23. Su función principal en el campo es Centrocampista. Su valoración de mercado estimada se sitúa actualmente en 250K €.

En 2 apariciones en Primera División de Honduras 2025-2026, Jonathan Núñez aportó 0 goles y 0 asistencias, completó 0 pases clave de 0 pases totales y registró una precisión de pase de -.