Forma parte de Sportivo Ameliano y lleva la camiseta número 6. Su función principal en el campo es Centrocampista. Mide 179 cm y pesa 76 kg.

En 8 apariciones en Primera División Paraguaya 2026, Jonathan Daniel Benítez Benítez aportó 0 goles y 0 asistencias, completó 3 pases clave de 289 pases totales y registró una precisión de pase de 27.9.