Forma parte de Jong Genk y lleva la camiseta número 66. Su función principal en el campo es Delantero.

Durante la campaña 2025-2026 de Challenger Pro League belga, Jonathan Coenen disputó 22 partidos, marcó 3 goles y dio 0 asistencias. Promedió 0.1 goles por partido con 5 tiros, de los cuales 3 fueron a puerta.