Forma parte de FK Neptūnas Klaipėda y lleva la camiseta número 42. Su función principal en el campo es Delantero.

Durante la campaña 2025 de I Lyga lituana, Jonas Vaitkus disputó 23 partidos, marcó 0 goles y dio 0 asistencias. Promedió 0 goles por partido con 0 tiros, de los cuales 0 fueron a puerta.