Forma parte de Atlético Choloma y lleva la camiseta número 4. Su función principal en el campo es Centrocampista.

En 18 apariciones en Primera División de Honduras 2025-2026, Jhonatan Córdova aportó 0 goles y 0 asistencias, completó 0 pases clave de 0 pases totales y registró una precisión de pase de -.