Forma parte de Carl Zeiss Jena y lleva la camiseta número 24. Su función principal en el campo es Centrocampista. Su pie más fuerte es Derecho. Su valoración de mercado estimada se sitúa actualmente en 50K €.

Su último traspaso lo llevó a Carl Zeiss Jena desde Carl Zeiss Jena U19 mediante el 2024-07-01.

En 19 apariciones en Regionalliga alemana 2025-2026, Jannes Werner aportó 0 goles y 0 asistencias, completó 0 pases clave de 0 pases totales y registró una precisión de pase de -.