Forma parte de Coquimbo Unido y lleva la camiseta número 1. Su función principal en el campo es Portero. Su valoración de mercado estimada se sitúa actualmente en 250K €.

Su último traspaso lo llevó a Coquimbo Unido desde Deportes Santa Cruz mediante Fichaje Libre el 2025-01-01.

En la temporada 2026 de la Liga de Primera de Chile, Gonzalo Flores jugó 4 partidos, con un promedio de 0 intercepciones, 0 entradas y 0 despejes por partido.