Forma parte de Real España y lleva la camiseta número 5. Su función principal en el campo es Defensor. Su pie más fuerte es Derecho. Su valoración de mercado estimada se sitúa actualmente en 300K €.

Su último traspaso lo llevó a Real Espana desde mediante Fichaje Libre el 2018-01-01.

A lo largo de Primera División de Honduras 2025-2026, Franklin Flores jugó 26 partidos y promedió 0 entradas, 0 intercepciones, 0 despejes y 0 tiros bloqueados por partido.