Forma parte de APR FC y lleva la camiseta número 3. A nivel internacional, juega para Ruanda. Su función principal en el campo es Defensor.

A lo largo de Clasificación para la Copa Mundial de la FIFA (CAF) 2026, Claude Niyomugabo jugó 10 partidos y promedió 0.2 entradas, 0 intercepciones, 0.7 despejes y 0 tiros bloqueados por partido.